ناصرالدین‌شاه قاجار برای برگزاری جشن پنجاهمین سالگرد سلطنتش به زیارت حضرت شاه‌عبدالعظیم در شهر‌ری رفته بود که با ضرب گلوله‌ی تپانچه یک روحانی انقلابی به نام میرزا‌رضای‌کرمانی از پیروان سید‌جمال‌الدین‌اسد‌آبادی ترور شد.
پس از ترور ناصرالدین‌شاه ، امین السلطان تلاش بسیاری کرد تا شرایط را عادی جلوه داده و حتی ترتیبی داد تا ناصرالدین‌شاه را پنهانی از صحن بیرون ببرند و در کالسکه سلطنتی بنشانند. در هنگام بازگشت شاه به کاخ گلستان نیز خودش در کنار شاه نشست و جسم کم‌جان او را به حرکت درآورد تا برای جمعیت دست تکان دهد.
اما با این‌حال کوشش‌های پزشکان در کاخ، برای نجات او نتیجه نداد و او کشته‌شد. مشهور است در واپسین دم زندگی خود گفته بود:
«اگر زنده بمانم جور دیگری بر شما حکومت می کنم.»
پس از مرگ ناصرالدین‌شاه مقرر می‌شود تا روز بعد و رسیدن مظفرالدین‌شاه به پایتخت صبر کنند و پس از آن پیکر شاه را در حرم شاه‌عبدالعضیم حسنی(ع) به خاک سپردند. تا پیش از انقلاب اسلامی، محل قبر و سنگ قبر او در حرم شاه‌عبدالعظیم پا برجا بود. اما پس از انقلاب و به دستور صادق‌خلخالی پس از تخریب آرامگاه رضاشاه‌پهلوی، مزار ناصرالدین‌شاه قاجار نیز تخریب گشت. البته سنگ قبر بسیار باارزشی که از شاهکارهای معماری تاریخ ایران است، خوشبختانه از تخریب در امان ماند و امروز در کاخ گلستان از آن نگهداری می‌شود.
عکسی از مراسم تشییع ناصرالدین‌شاه قاجار
