دانشگاه “گندی‌شاپور” (نام معرب شده آن پس از اسلام: جندی‌شاپور) به فرمان “شاپور اول ساسانی” بنا شد و در زمان “انوشیروان” به اوج شکوه و بالندگی رسید. گندی‌شاپور، مرکز آموزش علوم فلسفی، ریاضی، کیمیا(شیمی)، زیست، ستاره‌شناسی و پزشکی بود. این دانشگاه دارای یک کتابخانه و یک بیمارستان آموزشی نیز بوده است. می‌گویند شاپور هفت‌سال برای ساختن گندی‌شاپور زمان صرف کرد.
دانشگاه جندی شاپور، نخستین دانشگاه جهان
مولف کتاب “تاریخ‌الحکما” می‌نویسد:
«مردم گندی‌شاپور از پزشکان ماهر در امر پزشکی می‌باشند و از دوران ساسانیان دانش پزشکی در سرزمین ایران جایگاهی بلند داشته است و شاپور هر دانشمند جدیدی را که برای تدریس در گندی‌شاپور برگزیده می‌شد، پیش از شروع کار در مجلس میان دانشمندان می‌نشاند و سپس به گفت‌و‌گو امر می‌کرد و اگر در این گفت‌و‌گو شایستگی نشان می‌داد، به وی سمت تدریس واگذار می‌شد.»
شمار زیادی دانشمندان و پزشکان ایرانی و یونانی و هندی و سُریانی در این دانشگاه مشغول تحصیل و تدریس و طبابت بودند. در زمان انوشیروان پس از تعطیلی مراکز آموزشی آتن، شماری از فلاسفه‌ی یونان به ایران آمدند و در گندی‌شاپور مشغول علم‌آموزی شدند.
“برزویه حکیم”، رئیس پزشکان ایرانی و سرپرست مدرسه و بیمارستان جندی‌شاپور، برای جمع‌آوری برخی کتابهای پزشکی به هند رفته و حتی یک طبیب هندی را نیز با خود به گندی‌شاپور برای تدریس آورده بود.
کتابهای مفید در زمینه‌ی پزشکی آن روزگار در گندی‌شاپور گردآوری و برگردان می‌شد. به هنگام چیرگی اعراب بر ایران این دانشگاه مرکز گردآمدن دانشمندان با ملیت‌های گوناگون بود و به همین جهت سنت‌های پزشکی یونانی وهندی و ایرانی با هم در‌آمیختند و زمینه برای پزشکی اسلامی آماده شد.
این دانشگاه پس از یورش اعراب و سقوط ایران نیز همچنان مورد توجه بود و زیرنظر بزرگ‌ترین ایرانیان مسلمان شده همچنان اداره می‌شد.
دانشگاه جندی شاپور در دوره ساسانیان
معماری گندی شاپور، مستطیل شکل بود. می‌گویند که در زمان شاپور اول ساسانی این دانشگاه ساخته شد اما برخی از مورخین عقیده دارند که شهر جندی شاپور در زمان شاپور اول و دانشگاه آن در زمان شاپور دوم ساسانی بنا گردید.
بسیاری از صنعتگران و پزشکان و فیلسوفان در این دانشگاه پرورش یافتند. در دوران ساسانی گندی شاپور به عنوان مرکز دانش جهان قلمداد می‌شد و شهرت جهانی داشت. به گونه‌ای که دانش‌پژوهانی از هند و چین تا روم و مصر در این محل برای تحصیل جمع می‌شدند.
پس از سقوط ساسانیان این محل مدتی متروک ماند اما کم کم بار دیگر رونق گرفت و در زمان بنی‌عباس مجددا قطب علمی آسیا گردید.
